В древности значительная часть Запсковья была покрыта болотом; поэтому основанный здесь Ильинский мужской монастырь звался «Ильей Мокрым». Время его основания неизвестно. Летопись, под 1465 годом, упоминает о нем по случаю пожара. Впоследствии монастырь сделан женским. Нынешняя каменная церковь сооружена в 1677 году, как это видно из находящейся внутри церкви доски с надписью: «1677 года 21 февраля преставися сего Ильинского Девича монастыря игуменья Феодора схимница и повелением тоя игумении Феодоры того же 1677 года Сентября в 14 день сей св. храм основан во имя пророка Илии». Упразднен в 1764 году, и церковь приписана к Козмодемьянской. В 1868 году здесь трудами игуменьи Митрофании (рожд. баронессы Розен) учреждена женская община, которая в 1870 году утверждена правительством с дарованием ей права иметь счастье состоять под покровительством Государыни Императрицы, с укреплением за ней жертвуемых дочерью колл. рег. Ираидой Харламовой земель и домов, и с дозволением начальнице и сестрам носить кресты по Высочайше утвержденному рисунку. Прежде община была подчинена игуменье Ивановского монастыря, но теперь существует самостоятельно, под управлением особой начальницы.
Церковь одноапсидная, обычной кубической формы. Западная сторона имеет паперть на толстых массивных столбах. На северной и южной сторонах есть приделы – первый во имя Тихвинской Божией Матери, а второй упразднен; в последнем погребена создательница храма, игуменья Феодора. Находящиеся в этом приделе полукруглые стенные ниши – две на правой и одна на левой стороне – наводят на мысль, что здесь могла быть усыпальница для высших лиц монастырского управления. Фасады церкви имеют не полные тройные деления, а только одни верхние их части. Глава имеет полусферическое покрытие, с карнизом из обычных геометрических фигур.
Парусный свод храма опирается на две пары четырехугольных столбов. В правом отделении (бывший придел) деревянная перегородка разделяет комнату на две неравные части: большую и меньшую, где прежде был алтарь, а теперь ризница.
Под храмом находится колодезь.
Окулич-Казарин Н.Ф. Спутник по древнему Пскову. Псков, 1913.
После революции 1917 года община была упразднена, а церковь закрыта.
В настоящее время Ильинская церковь – действующая приходская церковь Пскова. Она состоит на охране как памятник республиканского значения (Постановление Совета Министров РСФСР № 1327 от 30.08.60).