Духовная семинария была старейшим учебным заведением города. Ее открыли в 20-е годы XVIII века стараниями епископа Псковского и Нарвского Рафаила Заборовского. Она была создана на базе существовавших с 1733 года греко-латинских классов и размещавшихся в одном из приделов Троицкого собора. В 1738 году специально для семинарии было выстроено здание рядом с подворьем Псково-Печерского монастыря. В 1770 годах здание было перестроено после пожара и в таком виде служило семинарии. В XIX веке для расширения помещения семинарии архиепископ Евгении II (Казанцев) обратился в комиссию духовных училищ при Синоде с прошением о разрешении приобрести у жены инспектора Псковской врачебной управы Ефима Яворского деревянный дом на каменном основании за 6,5 тысяч рублей за счет средств семинарии. Комиссия разрешила произвести покупку дома Яворских и уведомила об этом архиепископа Евгения.
Некоторое время дом Яворских удовлетворял нуждам семинарии, но в 1840 году снова встал вопрос о строительстве нового здания. Получив разрешение на строительство, руководство епархии обратилось за разработкой проекта и сметы к академику архитектуры, профессору Петербургской Академии художеств Аполону Федосеевичу Щедрину.
Строительство нового двухэтажного здания был осуществлено на месте бывшего дома Яворских. В здании располагались просторные светлые классы, хорошо приспособленные для занятий. В центральной части здания размещалась домовая церковь. В начале XX века по проекту петербургского архитектора А.Павловского старое и новое здание были объединены. При перестройке здания в 1901-1904 годах архитектор А.Павловский надстроил здание объемом домовой церкви во имя Трех Святителей с купольным завершением (двусветный зал).
Купол над зданием семинарии напоминал о ее домовой церкви Трех Святителей: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. 14 (26) декабря 1891 года в ней принял постриг преподаватель семинарии Василий Иванович Беллавин – будущий патриарх Тихон. В память об этом в 1997 году на здании установлена мемориальная доска. Еще до перестройки на фасаде была надпись: «Господи! Во свете Твоем узрели свет».
В 1918 году Псковская духовной семинарии была закрыта. В 1920-30-годах в помещениях бывшей семинарии размещался Морской пограничный отряд ОГПУ, так как по Псковскому и Чудскому озерам проходила (как и сейчас) граница с Эстонией, а моряки псковского морпогранотряда несли охрану границы. Домовая церковь была ликвидирована, а облик здания изменился – исчезла церковная главка. Во время войны здание уцелело, и в нем обосновался Псковский педагогический институт. Сейчас в бывшем здании Духовной семинарии размещается биологический факультет пединститута.
Газета «Псковская правда» сообщала: «В последнюю пятницу уходящего 1997 года, 26 декабря, на здании педагогического института по улице Советской была открыта памятная доска святейшему патриарху Тихону. Именно здесь, в Псковской Духовной Академии, учился, а затем, по окончании Петербургской Духовной Академии, преподавал будущий патриарх Тихон; здесь в домовой церкви Трех Святителей, 106 лет назад (1891 года 14 декабря по старому стилю) Василий Иванович Беллавин был пострижен в монашество. Право открыть почетную доску было предоставлено архиепископу Псковскому и Великолукскому Евсевию и Главе Администрации Псковской области Евгению Михайлову. В своем выступлении губернатор говорил об ощущении кровного родства, землячества с патриархом.
Здание Духовной семинарии находится под охраной как памятник федерального значения (Указ Президента РФ № 176 от 20.02.1995).
Литература: Левин Н.Ф. Псков на старых открытках. Выпуск первый: По главной улице… с открыткой. Псков, 2000; Медников М. Зодчие нашего города // Новости Пскова. 1999. 17 марта; Новиков Н. Колыбель опального патриарха. Псков, 1999.