Строена первоначально в 1419 году, но судьба этой первой церкви неизвестна. По преданию, нынешняя каменная церковь сооружена в 1676 году по следующему случаю: 11 мая 1676 года был большой пожар, истребивший много храмов, в том числе церковь Параскевы Пятницы, развалины которой видны и поныне на Кожевенной улице. В этой церкви находился чудотворный образ святого Николая. Прихожане Параскеевской церкви соорудили тогда нынешнюю каменную церковь святого Николая, при которой устроили придел святой Параскевы и перенесли в эту церковь спасенный чудотворный образ святого Николая. (У митрополита Евгения, Василева, Князева и в клировых ведомостях годом сооружения нынешней Никольской церкви показан 1676. Но в журнале «Истина», кн. 32, мы нашли указание, что церковь эта построена в 1659 году иждивением и тщанием Псковского воеводы и стольника Иоанна Хованского и Петра Шереметева с вельможами. Источник этих сведений не назван, но, имея в виду, что журнал издавался бывшим священником Никольской церкви Голубевым, их нельзя признать вполне голословными. Поэтому точную дату построения этой церкви мы установить не беремся). Впоследствии чудотворный образ святого Николая был перемещен в Покровскую от Торга церковь, где и ныне находится. Придел святой Параскевы был потом переименован в Троицкий, отчего и сама церковь получила название Троицко-Никольской. В 1786-1842 годах она была приписана к Покровской от Торга. В 1843 году некоторые Псковские старообрядцы, во главе с их наставником, впоследствии иеромонахом Михаилом, пожелали обратиться ко святой Церкви и, испросив себе этот храм, отремонтировали его и освятили. С тех пор службы в нем совершаются по правилам единоверия. В 1890 году храм и иконы вновь реставрированы.
Архитектура храма самая простая, притом испорченная многими переделками. Алтарная часть – позднейшая; приделы также не носят следов старины. На фасадах главного храма остались большие углубления, предназначенные для икон или фресок. В двух из них действительно вставлены иконы. От других церквей Никольская отличается своим пятиглавием. (Г. Некрасов справедливо обратил внимание на оригинальное размещение глав этой церкви, а именно: они поставлены не по углам, а по сторонам света. Со своей стороны мы добавим, что так же расположены главы соборного храма Московского Донского монастыря, выстроенного в 1684-1698 годах. Забелин полагал, что это первый по времени пример такого размещения). Шея средней главы имеет окна, но, по ненадобности, заделанные. Шеи остальных глав – глухие, длинные, тонкие, с уширением к карнизу. Прежде главы были черепичные, ныне покрыты железом. Длина церкви со звонницей 13 саж., ширина 12 саж. 8 в., высота до верхнего карниза 5 саж.
При входе в церковь обращает на себя внимание массивная железная дверь, украшенная медными досками, на которых изображены: на одной – рельефный Деисус, а на остальных библейские сцены из книги пророка Даниила. Доски расположены не в последовательном порядке рассказа, а вразбивку. Вероятно, прежде порядок был иной. Под каждым изображением, кроме Деисуса, имеются надписи:
«Егда разгневася на них царь, повеле их всадити в пещ, огнем горящую».
«Воспойте нам от песней Сионских. Како воспоем песнь Господню на земле чуждей. Аллилуия».
«На вербии посреде его обесихом арганы наша, яко тамо воспросиша ны пленшии нас о словесех песней и ведшии нас о пении».
«Аще забуду тебе. Иерусалиме, забвенна да будет десница моя».
«На реках Вавилонских тамо седохом и плакахом, внегда помянути нам Сиона. На вербии по…»
«Егда постави Навуходоносор царь тело златое на поле Деире, тогда приведе трех отроков: Ананию, Азарию и Мисаила, и повеле им поклонитися, они же не поклонишася».
«И оклеветани бывша царю, яко повеления его не слушают и богом не кланяются, тогда разгневался на них царь».
Возле этих изображений сохранился остаток изящного мелкого орнамента, в виде плетений. У Виолле-ле-Дюка подобный узор назван древнеперсидским. Вправо от дверной замочной скважины стилизованное изображение льва, напоминающее подобное же изображение Византийско-Романского искусства.
Внутри храма нет обычных колонн, и сомкнутые своды опираются прямо на стены. В 1913 году при ремонте церкви под полом обнаружены плитяные фундаменты двух столбов, в 1 квадратный сажень каждый; следовательно, храм имел прежде купольный свод, опиравшийся на столбы, как во всех древних церквах.
Церковь весьма богата старинными иконами, но, к сожалению, почти все они, за немногим исключением, переписаны.
В церкви хранится напрестольный крест, с надписью: «Лета 7189 (1681) сий образ Креста Господня построил стольник Борис, а прямое имя Иоанн Васильевич Бутурлин в церковь Николы Чудотворца Новоявленного, что во Пскове у Торгу, по отце своем боярине и дворецком Василье Васильевиче и по матери своей боярыни Настасии Григорьевны и по себе Иоанне, и по жене своей Татьяне, и по тесте своем Симеоне, и по тещи своей Ксении, и по их сродниках».
На западной стороне церкви высится оригинальная звонница, стройные пропорции которой обращают на себя внимание художников. Она состоит из трех ярусов: нижнего, составляющего ее основание, среднего о двух пролетах и верхнего об одном пролете; в среднем висят колокола, верхний же остается порожним, но находящаяся в нем толстая деревянная поперечина показывает, что и здесь также были прежде колокола. Звонница имеет четырехскатную железную крышу, на которой помещается небольшой купол, увенчанный главой с крестом. Среди колоколов, один 1693, а другой 1760 года.
Окулич-Казарин Н.Ф. Спутник по древнему Пскову. Псков, 1913.
Вскоре после революции 1917 года храм был закрыт. Не исключено, что здесь, как и в Старовознесенском монастыре и в Гдовской крепости в 20-30-е годы производились расстрелы, так как внутри храма и неподалеку от него были найдены человеческие останки, в том числе и с простреленными черепами. Долгое время в храме располагались складские помещения.
В 1995 году храм Николая Чудотворца был передан Псковскому духовному училищу. В настоящее время (2000 год) Никольский храм готовится к возобновлению в нем богослужений, ведутся работы по созданию нового иконостаса. В правом приделе располагается актовый зал, где проходят вступительные экзамены, праздничные духовные концерты и вручение дипломов. В левой части, в звоннице, расположена библиотека.
Храм Николы от Торга состоит на охране как памятник республиканского значения (Постановление Совета Министров РСФСР № 1327 от 30.08.60).