Когда грянула война, одной из первых оказалась растоптанной Польша. И начались зверства. Значительную часть польского населения составляли евреи, и первые центры уничтожения их появились именно здесь. Эти центры изначально не были концентрационными лагерями. Они создавались как предприятия для уничтожения людей сотнями тысяч.
Новое управление под руководством Эйхмана, получившее краткое обозначение «ИД-IV» (в эсэсовских кругах его называли просто «ведомством Эйхмана»), первым делом занялось созданием гетто в крупнейших польских городах - Варшаве и Лодзи. По задумке Эйхмана, болезни и голод в этих проклятых местах должны были внести свою лепту в уничтожение евреев, с тем чтобы сэкономить столь дорогие для рейха боеприпасы.
Эйхман лично контролировал эксперименты с передвижными «душегубками», когда евреев загоняли в закрытый грузовик и убивали выхлопными газами.
Ему же принадлежит идея создания лагеря смерти на юге, в Освенциме-Биркенау, ставшего для евреев Армагед доном.
В 1941 году, когда Гитлер вторгся в Советский Союз, перед Эйхманом, уже подполковником, открылось огромное поле деятельности на ниве уничтожения «неполноценных рас». «Душегубки» здесь оказались неэффективными.
Массовые расстрелы евреев и славян требовали много времени и материальных затрат. Кроме того, как выяснилось, эта процедура плохо влияла на психику исполнителей.
Эйхман добился у своего руководства применения более эффективных способов убийства, при которых волосы, золотые зубы, жировые отложения жертв можно было бы использовать после их смерти. Он запустил в дело «Циклон-Б» - газ, с помощью которого в Освенциме убивали по десять тысяч человек в день. Для этого использовались газовые камеры, оборудованные под бани. Эйхман аккуратно подсчитывал количество убитых, выводя рядом цифры полученной выгоды. Он так же скрупулезно учитывал каждый кусок мыла, произведенный из растопленного жира загубленных в концлагерях людей.
