Вскоре императрица отказалась от двойной игры. По ее приказу китайские войска присоединились к восставшим, и все иностранные миссии оказались в осаде. Убивали так много и часто, что порой не успевали убирать трупы. По Пекину стали распространяться инфекционные болезни. Когда министры иностранных дел ряда стран обратились к императору Китая с просьбой вмешаться, Цы Си возопила: «Как они посмели сомневаться в моей власти - давайте уничтожим их! » Иностранные державы послали войска, чтобы спасти своих граждан, над которыми нависла смертельная угроза.
14 августа к Цы Си примчался гонец, чтобы предостеречь ее: «Чужеземные дьяволы пришли! » Императрица вынуждена была бежать. Когда она покидала дворец, к ней приблизилась наложница свергнутого императора. Она кинулась к ногам Цы Си и умоляла позволить императору жить во дворце. Цы Си приказала евнухам: «Сбросьте эту негодницу в колодец! Пусть она умрет в назидание всем непокорным». Несчастную швырнули в глубокий колодец, где она нашла свою смерть.
После изгнания из Пекина императрица Цы Си была вынуждена отказаться от привычной роскоши. Пища ее была скудной, власть она потеряла. В стране царили беспорядок и насилие. Но затем «боксерское восстание» было подавлено союзными войсками, и Цы Си разрешили вернуться в Пекин после подписания мирных соглашений. Уже упоминавшаяся Шарлотта Холден писала, что это было время крайнего лицемерия Цы Си. «Любыми способами она стремилась оградить себя от попыток держав-союзниц лишить ее власти. Она поняла, что для этого необходимо изменить имидж, а свою политику представить в новом свете. Высшей точкой ее лицемерия стало распоряжение изъять из архивов династии все «пробоксерские» декреты и указы.
В последние годы жизни Ци Си стала свидетельницей реформ, начатых в Китае под влиянием Запада. Она также была вынуждена отдать посмертные почести казненным ею же императорским министрам и даже несчастной наложнице, безжалостно брошенной в колодец.
Летом 1907 года Цы Си перенесла инсульт, и здоровье ее резко пошатнулось. Здоровье императора тоже ухудшалось. Несмотря на то что он не правил страной, Гуан Сю сохранил уважение народа и получил право жить во дворце.
Утром 14 ноября 1908 года император умер. При этом очевидны были симптомы отравления. Конечно, его врач не смог установить причину смерти. Подозрение пало на Цы Си. Вполне вероятно, что она тайно, через евнуха, давала императору небольшие дозы яда в течение долгого периода.
Императрица Цы Си пережила племянника всего на 24 часа. После нее осталось многомиллионное состояние - неопровержимое свидетельство грабительского характера власти императрицы-дракона. Она оставила старую, гордую династию Маньчжу в жалком состоянии, упустив реальную возможность своевременно открыть Китай для новых идей, повернуть застывшую в своем развитии патриархальную страну на путь прогресса и процветания.