Армия пыталась выкорчевать и сдержать терроризм, который захлестывал страну. На глазах Догерти солдаты в полночь вытащили из постели всю его семью, а его самого офицер разведки долго допрашивал о членстве в юниорской организации ИРА. 22 января 1972 года, когда ему исполнилось семнадцать, Догерти без суда и следствия интернировали в один из британских лагерей. Он заявил, что подвергался пыткам в лагере Гирдвуд. В то время как наблюдатели комиссии по правам человека пришли к выводу, что некоторые террористы действительно подвергались грубому и бесчеловечному обращению в лагерях для интернированных, у Догерти не было никаких оснований утверждать, что с ним плохо обращались. И конечно же, он никогда не подвергался воздействию электрошоком, который, по его словам, широко применялся в лагере.
Позднее его перевели на корабль-тюрьму «Мэйдстоун», а в Лонг-Кеш, где ИРА готовила боевиков, его поведение было квалифицировано как образцовое и отмечено, что скоро Догерти будет готов нести активную службу, то есть убивать людей. В лагерях действовали агенты ИРА, которые знакомили узников с республиканским движением. Заключенных обучали владению оружием, которым они будут пользоваться после освобождения.
Выйдя из лагеря, Догерти вступила ИРА и поклялся в верности терроризму, положив руку на Библию, на револьвер и на трехцветный ирландский флаг. Так он стал волонтером роты «Си», входящей в третий батальон Ирландской республиканской армии. В начале семидесятых от деятельности подобных подразделений страдало прежде всего мирное население: от беспорядочных взрывов бомб, от убийств на религиозной почве, от бесчисленных расстрелов охранников и полицейских. Но Догерти ни разу не был обвинен в убийстве, хотя сотрудники службы безопасности имели достаточно подозрений. Только один раз, в 1973 году, после трех месяцев службы в ИРА, полиция задержала его за ношение стартового пистолета, которым он, бывало, пугал местную молодежь.
После освобождения, накануне Рождества этого же года, ему приказали явиться в третий батальон для выполнения активных действий. Он должен был оставаться «на ходу». Боссы ИРА уже имели на него свои виды.
В феврале 1974 года Догерти перевозил на машине восемьдесят фунтов взрывчатки из временного полевого склада организации в одно из подразделений. Армейский контроль задержал его с этим смертоносным грузом и взял под стражу. Догерти получил три года тюремного заключения. Вскоре после неудачной попытки бежать к этому сроку добавилось еще восемнадцать месяцев. Находясь в тюрьме, преступник получил повышение в звании и стал офицером ИРА. Хозяева на воле ждали удобного случая и вынашивали в отношении Джо Догерти большие планы.
Его освободили накануне Рождества 1979 года - последнего Рождества, которое он встречал как свободный человек, а не как беглец или узник.