За несколько миль от театра Бут встретился с Хэролдом. Сообщники направились в штат Мэриленд, надеясь найти убежище у своих единомышленников-южан. Знакомый врач перевязал Буту ногу, и преступники продолжили путь. Одиннадцать дней им удавалось скрываться, пока беглецов не выследили на табачной ферме в штате Вирджиния. Солдаты окружили здание, где засели преступники, и после бесплодных переговоров о добровольной сдаче подожгли ферму. Хэролд был вынужден поднять руки, а Бут застрелился.
Оставшиеся в живых участники заговора были преданы суду, который признал их соучастниками убийства и приговорил к смертной казни.
Арнольд, хотя и не принимал участия в покушении, был приговорен к пожизненным каторжным работам, так же как и хирург Сэмюэл Мадд, лечивший сломанную ногу Бута.
Эдвард Спенглер, рабочий сцены, получил шесть лет за содействие убийце в осуществлении его замысла.
Вскоре после убийства Линкольна стали появляться всевозможные домыслы о мотивах и тайных пружинах этого преступления. Согласно одной из версий, убийство Линкольна было задумано тогдашним госсекретарем по делам обороны Эдвином Стэнтоном - ближайшим единомышленником и помощником президента во время гражданской войны. Однако доказательств это и другие подобные предположения практически не имеют. Наиболее вероятно, что преступный замысел был осуществлен группой фанатиков, которые действовали по собственной инициативе.
