Поначалу подозрение пало на Джона Морса, чье поведение в тот момент, когда он возвращался в дом Борденов, озадачило толпу, собравшуюся у подъезда: подходя к дому, Джон почему-то замедлил шаг и вместо того чтобы сразу войти в парадную дверь, обошел вокруг дома и сорвал с дерева яблоко. Полиция тоже предполагала, что его алиби не очень-то убедительно. Однако, когда все факты были тщательно проверены, подозрение отпало.
Детективы с самого начала были убеждены, что оба убийства - дело рук кого-то из обитателей дома. Бриджет Салливан они исключили из числа подозреваемых очень быстро: у нее не было никаких мотивов убивать; имя ее не упоминалось в завещании Эндрю Бордена; наличных денег в доме не было.
Оставалась лишь Лиззи Борден. Ее поведение после происшедшего было по меньшей мере странным. Когда Бриджет спросила ее, где она была в тот момент, когда на ее отца напали, Лиззи ответила, что выходила во двор. А на тот же вопрос, заданный миссис Черчилль, ответила, что ходила в это время в сарай за какой-то железкой. Естественно, об этом же ее спросили и детективы. Она повторила, что была в сарае и даже съела там три груши.
Полицейские буквально на четвереньках облазили весь сарай, но никаких огрызков не обнаружили. Кроме того, Лиззи сказала, что не видела тела мачехи, когда спускалась по лестнице вниз встретить отца.
А тут еще одна из соседок сообщила полиции, что вечером накануне убийства Лиззи говорила ей, что у ее отца есть враги и она боится за его жизнь. Но расследование не выявило у конкурентов Бордена никаких поводов для убийства.
Выяснилось также, что за день до гибели родителей Лиззи купила в городской аптеке синильную кислоту и цианид. Объяснить, зачем ей это понадобилось, она не смогла.