Лидер нового движения не сомневался, что его жизнь в опасности. Это подтвердилось, когда 11 февраля 1965 года в дом Малькольма были брошены зажигательные бомбы. Дом был куплен для него двумя годами ранее «черными мусульманами», и хотя они заявили о своей непричастности к нападению, было ясно, что это месть «отступнику».
Неделю спустя Малькольм Экс приехал в Гарлем, негритянский район Нью-Йорка, чтобы выступить перед его жителями. Едва он начал речь, как один из собравшихся закричал: «Убери руку из моего кармана! » Охранники попытались утихомирить дебошира, но Малькольм остановил их примирительной просьбой: «Успокойтесь, братья! » Вырвавшись из рук охраны, неизвестный выхватил из-под пальто обрез и выстрелил в Малькольма. Затем с разных сторон последовало еще несколько выстрелов...
Тяжело раненный негритянский лидер был срочно доставлен в клинику Колумбийского медицинского центра, но было поздно. Вскоре последовало официальное сообщение о его кончине.
Один из убийц, Томас Хейген, был арестован сразу же, а несколько позднее полиции удалось задержать и остальных - Нормана Батлера и Томаса Джонсона. Все они оказались «братьями по крови» - такими же чернокожими, как и убитый. «Черные мусульмане» категорически отрицали свою причастность к этому преступлению. Их представитель заявил: «Если это сделал кто-то из наших, он сделал это по собственной инициативе».