При следующей встрече на кладбище в районе Бронкса в Нью-Йорке Кондон передал 50 тысяч долларов. В этот раз вместе с Ковдоном был и Линдберг, однако они даже не пытались задержать незнакомца. Он назвался Джоном, принял от Кондона коробку с деньгами и обещал выслать подробные сведения о местонахождении ребенка по почте на следующее утро. После этой тайной встречи действительно пришло анонимное письмо с уже знакомыми опознавательными знаками: «Мальчик находится в Боуд Нелли. Это рядом с островом Элизабет». Линдберг принял «боуд» за написанное с ошибкой английское слово «боут» (лодка) и безуспешно пытался найти это место в Новой Англии.
Он вернулся домой 12 мая. Там его ждала ужасная новость, что разложившийся трупик мальчика был обнаружен в лесу водителем грузовика Уильямом Алленом в шести милях от своего дома. Мальчик умер от сильного удара по голове. После опознания стало ясно, что найдено тело маленького Чарльза. Это поразило Линдберга в самое сердце. Боль утраты усилилась после того, как ему сообщили, что малыш был убит в ночь похищения.
Печально, но полиция не нашла ни одной улики, чтобы установить личности убийц. Линдберг заявил, что ему было бы хоть немного легче, если бы преступник оказался за решеткой, и что безнаказанность такого преступления является слишком тяжкой ношей для него.
После того как утихла газетная шумиха, Чарльз Линдберг окунулся в политику, особенно заинтересовавшись идеями фашизма, распространявшимися в те годы в Европе. А полиция скрупулезно продолжала затянувшееся расследование этого дела. Деньги, переданные через «Джафси», были основной уликой, так как Линдберг заранее переписал номера банкнот. Эти номера были разосланы во все концы страны. Все банки и кассы получили указание повысить бдительность, чтобы выявить клиента, предъявившего купюры с этими номерами.